Pesquisei um pouco e achei uma dica que resolveu o meu problema.
1. Abra o Firefox e entre no www.facebook.com logando normalmente na sua conta.
Vá em Editar -> Preferências -> Avançado -> Certificados
Procure a seção DigiCert
Selecione "DigiCert High Assurance CA-3"
Exporte como "X.509 Certificate (PEM)" para /tmp/DigiCertHighAssuranceCA-3.crt
2. Abra um terminal
sudo cp /tmp/DigiCertHighAssuranceCA-3.crt /usr/share/ca-certificates/mozilla/DigiCert_High_Assurance_CA-3.crtSelecione o novo DigiCert_High_Assurance_CA-3.crt e aperte espaço nele e depois confirme em OK.
sudo dpkg-reconfigure ca-certificates
3. Desconecte e conecte o Empaphy
Pronto! Problema resolvido.
Só lembrando que já foi aberto um bug no lauchpad do empathy. Vá lá e clique em "Does this bug affect you?" para eles saberem que está lhe afetando. A dica foi retirada desse link. Créditos para marmotte31